El Centro Universitario de Ciencias Exactas e Ingenierías (CUCEI) fue creado en 1994, principalmente con base en cuatro antiguas facultades: de Ciencias Físico-Matemáticas, Ciencias Químicas, Informática y Computación, e Ingenierías; además de los Institutos de Madera, Celulosa y Papel; Astronomía y Meteorología (IAM) y la Dirección de Vinculación y Transferencia de Tecnología. A partir de lo anterior los profesores, licenciaturas y posgrados más identificados con Farmacobiología, Física, Matemáticas y Química, se agruparon en los correspondientes Departamentos para dar origen a la División de Ciencias Básicas del CUCEI.
De tal forma que los antecedentes de la División se encuentran ligados a los orígenes y evolución de dichas facultades y al IAM.
La antigua Facultades de Ciencias Físico-Matemáticas, fue creada en 1990 junto con la de Ciencias Biológicas, ambas remplazaron a la antigua Facultad de Ciencias que había sido creada en 1980, y en donde se empezó a ofrecer, por primera vez en la Universidad de Guadalajara, las licenciaturas en Biología, Física y la de Matemáticas.
En el caso de Química y Farmacobiología sus raíces se extienden al siglo XIX, cuando el Congreso de Jalisco expidió en 1826 el Plan de instrucción y en donde se reconocía la Escuela de Farmacia y Química. Posteriormente, en 1847, la Escuela de Farmacia fue parte de un nuevo Plan General de Instrucción. En el siglo XX en 1925 con la fundación de la Universidad de Guadalajara, se funda la Facultad de Ingeniería y Ciencias Químicas; aprobando la carrera de Químico Farmacéutico.
En 1937 con el Decreto 4923 se expide una nueva Ley Orgánica y en su artículo 3 se funda definitivamente y con fisonomía propia, la Facultad de Ciencias Químicas. Creando las carreras de Químico Bacteriólogo y Químico Farmacobiólogo.
El Consejo General Universitario en 1948 aprueba la conformación de la carrera de Químico Farmacobiólogo en cuatro años. El Acta constituida de la Licenciatura de Químico Farmacobiólogo se tiene documentada en la sesión ordinaria de Consejo General Universitario en 1948. Finalmente el 6 junio de 1955 se crea el programa de Químico, para satisfacer la demanda de la industria química en Jalisco.
Directores de la División y Secretarios anteriores
Período 1994-1995
Director: Mtro. Alonso Castillo Pérez
Secretario: Mtra. Martha Leticia Rujano Silva
Período 1995-1998
Director: Dr. Juan Manuel de Santos Ávila
Secretario: Mtro. Alberto de la Mora Gálvez
Período 1998-2001
Director: Médico José de Jesús Torres Galván
Secretario: Ing. Severiano Gómez Mora
Período 2001-2004
Director: Mtro. Francisco Javier Calleros Ávila
Secretarios: Ing. Francisco Javier Álvarez Bejarano
Mtro. Martín Hernández Carrillo
Período 2004-2010
Director: Dr. Cesar Octavio Monzón
Secretario: Mtro. Sergio Fernando Limones Pimentel
Período 2010-2016
Director: Dr. Arturo Chávez Chávez
Secretario: Mtro. Francisco Vera Soria
Período 2016-2019
Director: Dr. Oscar Blanco Alonso
Secretario: Dra. Verónica Maria Rodríguez Betancourt